La Bahía de San Juan, que está conectada por el Caño Martín Peña a la Laguna San José y Laguna los Corozos, que a su vez están conectados por el Canal Suárez a la Laguna La Torrecilla y la Laguna de Piñones.  

La Bahía de San Juan está conectada también a la Laguna del Condado por medio del Canal San Antonio.  

Otra parte importante del sistema del Estuario es la Ciénaga las Cucharillas, que entre otras cosas funciona como una esponja gigantesca para evitar inundaciones.