La Sección 320 de la Ley de Agua Limpia federal crea el Programa Nacional de Estuarios. Según el modelo de esta ley, los gobernadores de los estados costeros que tengan estuarios, pueden someter al Administrador de la Agencia Federal de Protección Ambiental (EPA, por sus siglas en inglés) sus estuarios para que obtengan la categoría de importancia nacional y reciban fondos federales dirigidos a investigar, redactar y coordinar la implementación de un Plan integral de manejo y conservación estuarina.

El 20 de abril del 1993 el Gobernador de Puerto Rico firmó la designación oficial del Estuario de la Bahía de San Juan como uno de importancia nacional para Estados Unidos. Un año más tarde, en el 1994, abre la oficina del Programa del Estuario. El Programa del Estuario es el único tropical y fuera de Estados Unidos continental.