En el año 2000 el Gobernador envía a la Administradora de EPA el Plan Integral de Manejo y Conservación del Estuario de la Bahía de San Juan ("Plan de Manejo"). El Plan de Manejo constituye un acuerdo de implementación de las acciones que se necesitan llevar a cabo para restaurar el Estuario. El documento cubre cuatro áreas:

Calidad de agua y sedimentos (acciones WS, por sus siglas en inglés)

Desechos acuáticos (acciones AD, por sus siglas en inglés)

Hábitat, peces y vida silvestre (acciones HW, por sus siglas en inglés)

Educación y participación pública (acciones PI, por sus siglas en inglés)