En el caso de nuestro estuario nacional, se creó una Junta de Directores con diez miembros: cinco miembros Ex officio (pertenecer a nuestra Junta forma parte de su labor, de su oficio) y cinco miembros de la comunidad. Este cuerpo gobernante incluye algunas de las agencias de gobierno que implementan el Plan de Manejo.

Los cinco miembros Ex officio son: el Secretario del Departamento de Recursos Naturales y Ambientales; el Presidente de la Junta de Calidad Ambiental; el Director Ejecutivo de la Autoridad de Acueductos y Alcantarillados; el Presidente de la Junta de Planificación y el Administrador Regional de la EPA (miembro sin voto).

Las cinco personas que representan la comunidad provienen de los siguientes sectores: academia/tecnología, organizaciones sin fines de lucro, banca/finanzas y residentes.

El Gobernador de Puerto Rico nombra a los miembros Ex officio, al Presidente la Junta de Directores del Consorcio y al representante de las entidades sin fines de lucro.

Las agencias y personas que forman parte del Consorcio trabajan mayormente con el nivel macro de implementación de las acciones más complejas y grandes del Plan de Manejo.