Debido a que la implementación del Plan de Manejo es uno a largo plazo, la Junta de Directores del Consorcio decidió que se creara una entidad sin fines de lucro independiente del Consorcio para recibir los fondos que se perciban anualmente.

A estos fines se crea la Corporación para la Conservación del Estuario de la Bahía de San Juan. La Junta de Directores de esta entidad sin fines de lucro está integrada por personas voluntarias que donan de su tiempo. Como entidad sin fines de lucro, una de las funciones de la Corporación es atraer otros fondos, aparte de los asignados por EPA, para el desarrollo de la entidad.

La Corporación es el único organismo de esta estructura que está incorporado en el Departamento de Estado y está habilitada para recibir fondos federales, estatales, municipales, al igual que donativos individuales o de empresas privadas para adelantar el proceso de implementación del Plan de Manejo.