La Corporación para la Conservación del Estuario, entidad sin fines de lucro, tiene como una de sus funciones principales manejar los fondos federales y otros que reciba la organización para suplir las necesidades operaciones y proyectos de la oficina del Programa del Estuario de la Bahía de San Juan.

El Programa mantiene una cantidad limitada de empleados (un promedio de cuatro empleados a tiempo completo) y sus funciones principales son las siguientes:

Promover y monitorear el proceso de implementación del Plan de Manejo.

Informar a los miembros del Consorcio sobre la respuesta ambiental a este proceso de implementación.

Aglomerar y comunicar entre sí los esfuerzos de implementación del Plan de Manejo.

Realizar estudios para entender, conservar y manejar los recursos del Estuario de la Bahía de San Juan.

Mejorar la conciencia pública acerca del Estuario.

Redactar los planes de trabajo y el presupuesto anual.

Participar en los procesos de implementación del Plan de Manejo.