Aguas residuales: aguas usadas domésticas, comerciales o industriales, que contienen desperdicios sanitarios o industriales.

Alga: cualquiera de un grupo de plantas mayormente acuáticas, que contiene clorofila y a menudo están cubiertas de pigmento pardo o rojo. El exceso de nutrientes (nitrógenos y fósforo) puede acelerar el crecimiento de algas.

Alóctono: organismo o especie que ha emigrado de otra región.

Anaerobio: que vive o crece donde no hay oxígenos atmosférico. La bacteria anaerobia obtiene oxígeno de la descomposición de compuestos que contienen oxígeno.

Anoxia: condición donde no existe oxígenos disuelto.

Autóctono: organismo o especie nativo de una región.

Batimetría: medición de profundidades de océanos, mares, laguna y lagos.

Bentos: plantas y animales que habitan en el sedimento del fondo de un cuerpo de agua.

Biodiversidad: diversidad de vida y sus procesos, incluso la diversidad de organismos vivos y las diferencias entre ellos y las comunidades en que ocurren.

Biota: conjunto de flora y fauna.

Carcinógeno: sustancia que produce cáncer.

CCMP: siglas en inglés del Plan de Manejo y Conservación del Estuario de la Bahía de San Juan

Coliforme: relacionado con el bacilo presente comúnmente en el intestino de los humanos y otros vertebrados.

Contaminante: sustancia que no está presente de forma natural en el ambiente o que está presente en concentraciones no naturales que pueden, dada una concentración, afectar adversamente el ambiente.

Cuenca de drenaje: terreno que circunda un cuerpo de agua y aporta agua dulce a ese cuerpo de agua, ya sea de lluvias, riachuelos, aguas subterráneas o escorrentía superficial.

Cuenca hidrográfica: área de terreno que aporta escorrentía a un río o lago, también conocida como cuenca de drenaje y área de captación.